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西暦2042年、地球上では突如現れた未知の巨大生物「擬態獣」と、世界各国で開発されていた巨大ロボット達との戦いが繰り広げられていた。日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロット・猿渡ゴオは後に「巨神戦争」と呼ばれるボス擬態獣との決戦において、パートナーであり恋人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまう。だが、ゴオはそれと引き換えに、1人の少女の命を救っていた。その少女の名は、葵杏奈。辛くも人類は戦いに勝利し、5年の歳月が流れた。しかし、世界各地ではまだ擬態獣の亜種が生き残っており、スーパーロボ
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杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす！！